古琴音乐崇尚“怡情”、“载道”，故也常以寓言、传说、故事为题材。故事讲述人生百态，寓言启示生命涵义。古代琴人将这一切情状宣之于乐，传其神，会其意，不仅养性怡情，而且从中感悟人生的哲理。
历史悠久的琴曲《聂政刺韩王曲》，讲述了先秦被韩王无辜杀害的造剑工匠之子聂政报仇。他在谋刺韩王多次失败后，刻苦学琴十载，终于利用为韩王弹琴的机会报仇成功。现存著名琴曲《广陵散》就是根据此曲的内容发展而成的。
先秦时期，操琴高手伯牙善弹琴，樵夫子期善听琴，只有子期能感受到伯牙所要表达的“巍巍乎志在高山，洋洋乎志在流水”的意境。子期死后，伯牙破琴绝弦，认为世上再无知音。两千多年来，“高山流水”、“知音”的美谈一直广为传诵。曲名《高山流水》就源于此。据最早收录该曲的《神奇秘谱》记载，此曲原为一曲，唐代才分为《高山》、《流水》两曲。《伯牙吊子期》反映的也是这一题材。此曲借用这一题材，着重抒发了对知音好友的悼念。琴曲《水仙操》取材于伯牙向成连学琴的故事。这个故事更强调了另外的哲理：学琴不能只停留在技术技巧层面上，而必须有较高的修养和素质，这样才能完美地表现乐曲的意境和曲情。
《列子》中黄帝治国的寓言脍炙人口，最早见于《神奇秘谱》的琴曲《华胥引》，即是据此而作，乐曲颂扬了“无为而治”的道家思想。
琴曲中有关汉代的传说十分丰富。如《圯桥进履》一曲最早见于《风宣玄品》，反映了汉代一个著名的民间传说。少年张良过圯桥时遇见一老人，老人多次将鞋失落于桥下，叫他拾取。而张良能不厌其烦帮老人捡回鞋，还替老人穿上。老人便将自己珍藏的济世奇书传给他，张良凭借此书辅佐刘邦取得了天下。
汉武帝的皇后陈阿娇，被冷落于长门宫。她求著名的文学家司马相如为她写了《长门赋》，因而感动了皇帝。琴曲《长门怨》借用了这一题材，表现了古代妇女为自己的命运而鸣不平。
司马相如与卓文君的爱情故事，千百年来广为流传。琴曲《凤求凰》所反映的即是这一题材。《楚歌》则根据项羽被刘邦困于垓下的故事创作。闻听着四面楚歌，项羽的军心动摇，最后兵败。
琴曲《鸥鹭忘机》则是宋代浙派琴家刘志方所作，乐曲取材于《列子》记载的一则寓言。寓言说，海鸥常落在一渔船船头，和渔翁亲近。渔翁告知老伴，老伴要他将海鸥捉回，第二天渔翁出海打鱼时，海鸥仿佛看穿渔翁的计谋，一只也没飞下来，从此再也不亲近渔翁了。其哲理深邃，耐人寻味。
